Badan Registrasi Kanker Nasional Indonesia menempakan kanker kepala dan leher pada posisi keempat diantara sepuluh keganasan yang terjadi baik pada laki-laki maupun perempuan. Salah satu jenis kanker kepala dan leher adalah karsinoma skuamosa sel (KSS) rongga mulut dan lidah. KSS rongga mulut dan lidah erat kaitannya dengan konsumsi rokok dan alkohol, mutasi genetik dan infeksi Human papillomavirus (HPV) 16/18. Penelitian ini bertujuan untuk mendeteksi ada tidaknya infeksi HPV 16/18 pada sampel jaringan segar KSS rongga mulut dan lidah dengan nested PCR. Jumlah sampel yang digunakan adalah 14 (13 sampel KSS rongga mulut dan lidah, 1 sampel limfadenopati suspect KSS). Tahapan nested PCR diawali dengan amplifikasi dengan primer L1, dilanjutkan dengan amplifikasi primer E6 HPV-16 dan HPV-18. Terdapat 14,2 % (2/14) sampel menunjukkan HPV-18 positif dan HPV-16 tidak terdeteksi.