Identifikasi morfologi berdasarkan karakter ukuran tubuh dan tengkorak diperlukan untuk mengetahui spesies kelelawar pemakan buah. Endemisitas kelelawar pemakan buah Sulawesi sangat tinggi. Salah satunya genus endemik Sulawesi yaitu genus Thoopterus. Penelitian ini bertujuan untuk mengidentifikasi morfologi kelelawar pemakan buah (Chiroptera, Thoopterus) dari Gunung Bawakaraeng, Sulawesi Selatan berdasarkan karakter pengukuran morfologi luar dan tengkorak (morfometri). Metode penelitian yaitu metode deskriptif dengan tabel dan narasi yang digunakan untuk menjelaskan data karakter ukuran tubuh, dan tengkorak. Thoopterus suhaniahae memiliki perbedaan ukuran tubuh, lengan atas dan panjang digit metacarpal kedua yang mencolok dengan Thoopterus nigrescens. Ukuran karakter tengkorak GSL, POW, ZB dan PL T. suhaniahae lebih besar dibandingkan dengan T. nigrescens. Kedua spesies memiliki selang ukuran morfologi dan tengkorak dibandingkan penelitian sebelumnya.