Indonesia berada dalam kawasan Malesia dengan tiga pusat biodiversitas terbesar di dunia: Papua, Kalimantan, dan Sumatra. Papua telah dikenal sebagai bioregion dengan biodiversitas dan sekaligus endemisitas yang sangat tinggi: untuk floranya termasuk palem dan anggrek sedangkan untuk faunanya termasuk burung dan marsupialia. Kalimantan dan Sumatra memiliki mamalia yang sangat beragam, sedangkan Sulawesi mempunyai endemisitas mamalia yang sangat tinggi. Biodiversitas tumbuhan dan reptilia di Kalimantan juga sangat tinggi. Secara ekologis dan biologis kawasan Sulawesi, Papua dan Maluku sangat kompleks dan unik karena merupakan kawasan transisi antara flora dan fauna Malesia dan Australia, di mana fenomena endemisme dan diversitas bertemu.